Son alteraciones del sistema inmunológico que facilitan el desarrollo de infecciones. Frecuentemente son adquiridas en el transcurso de la vida como las causadas por virus (infección por VIH), producidas por medicamentos (esteroides, quimioterapia, biológicos) y producidas por enfermedades como cáncer, enfermedad renal o hepática. También podemos nacer con algún tipo de inmunodeficiencia.